NGS-szekvenáló berendezések
Az MGI újgenerációs szekvenáló eszközei (NGS) a DNBSEQ™ csúcstechnológiát alkalmazzák. A többi szekvenálási platformhoz képest a DNBSEQ™ szekvenálási technológia előnye, hogy ötvözi a DNB-k alacsony amplifikációs hibaarányainak és a nagy mintasűrűségű Patterned Arrayeknek az előnyeit. Így drámai mértékben javul a szekvenálás pontossága, és jóval alacsonyabb a duplikációs arány a WGS / WES alkalmazásokban.
NGS-szekvenáló berendezések
Az MGI újgenerációs szekvenáló eszközei (NGS) a DNBSEQ™ csúcstechnológiát alkalmazzák. A többi szekvenálási platformhoz képest a DNBSEQ™ szekvenálási technológia előnye, hogy ötvözi a DNB-k alacsony amplifikációs hibaarányainak és a nagy mintasűrűségű Patterned Arrayeknek az előnyeit. Így drámai mértékben javul a szekvenálás pontossága, és jóval alacsonyabb a duplikációs arány a WGS / WES alkalmazásokban.
A DNS nanolabdákat (DNB) a fluidikai rendszer szivattyúzza és tölti egy nanotechnológiával megmunkált chipre (Patterned Array). Ezt követi a szekvenáló primer hozzáadása és a DNB adaptereihez történő hibridizálás. A szekvenálási reakció a fluoreszcensen jelölt dNTP-próbák és a DNS-polimerázt tartalmazó szekvenáló reagensek fluidikai bejuttatásával indul. A képalkotás a DNB-khez kötött fluoreszcens próbák lézeres gerjesztése során történik. A bázishívás közben az MGI saját fejlesztésű szoftverével a képeket digitális jellé alakítják. Az így keletkezett adathalmazból a továbbiakban meghatározható a minta DNS-szekvenciája.
A DNB-kkel kapcsolatos összes szekvenálási technológia a DNBSEQ™ része, amely magában foglalja: az egyszálú DNS cirkularizációt és DNB előkészítési technológiát, a Patterned Arrayeket, a DNB betöltést, a Kombinatorikus Próba Horgony Szintézist (cPAS), Pair-End DNB szekvenálási technológiát, a fluidikai és képalkotó rendszereket, valamint a bázishívó algoritmusokat, stb. A cPAS technológiát széles körben használják különféle szekvenálási platformokon, beleértve a BGISEQ-50, BGISEQ-500, DNBSEQ-G50, DNBSEQ-G400, DNBSEQ-T7 berendezéseket.
A többi szekvenálási platformhoz képest a DNBSEQ™ szekvenálási technológia előnye, hogy ötvözi a DNB-k alacsony amplifikációs hibaarányainak és a nagy mintasűrűségű Patterned Arrayeknek az előnyeit. Így drámai mértékben javul a szekvenálás pontossága, és jóval alacsonyabb a duplikációs arány a WGS / WES alkalmazásokban. A PCR-mentes könyvtárkészítési módszerekkel kombinálva a DNBSEQ™ SNP és indel detektálási pontossága is magasabb más platformokhoz képest. Ezenkívül az indexugrás aránya a DNBSEQ™ esetében jóval alacsonyabb, mint más platformokon.
NGS-szekvenáló berendezések
Összehasonlító táblázat
Termék modell | ||||
Tulajdonságok | Ultramagas teljesítmény | Adaptív | Hatékony | Gyors |
Alkalmazások | Teljes genomszekvenálás, mély exom szekvenálás, transzkriptóma szekvenálás és célzott panel projektek. | WGS, WES, transzkriptóma szekvenálás és még sok más | Kis teljes genom szekvenálás, megcélzott DNS / RNS panelek, alacsony áteresztésű teljes genom szekvenálás | Célzott DNS, RNS, epigenetikai és klinikai alkalmazások |
Flow Cell Típus | FC | FCL & FCS | FCL & FCS | FCS |
Sáv/Flow Cell++ | 1 sáv | 4 sáv & 2 sáv | 1 sáv | 2 sáv |
Teljesítmény | Ultranagy | Nagy | Közepes | Közepes |
Max. átvitel / futás | 6Tb | 1440Gb | 150Gb | 330G |
Eredményes leolvasások / Flow Cell | 5000M | 1500-1800M | 500M / 100M | 550M |
Eredményes leolvasások / Flow Cell | PE150 24 órán belül | FCS:13-37 óra, FCL:14-109 óra | 10-66 óra | 13-37 óra |
Min. leolvasási hossz | PE100 | SE50 | SE50 | SE100 |
Max. leolvasási hossz | PE150 | SE400/PE200 | PE150 | PE150 |
Alkalmazási javaslatok
Alkalmazási típus | Alkalmazás | Minta típus | Könyvtár előkészítés | Javasolt szekvenáló berendezés | Szekvenálás és elemzés | Jelentés |
---|---|---|---|---|---|---|
Egészségügyi | NIPT | Periferális vér | DNBSEQ-G50 | |||
PGS | Egy sejt | DNBSEQ-G50 | ||||
CNV | Magzatvíz, villi, abortusz szövet | DNBSEQ-G50 | ||||
Teljes genom szekvenálás | WGS | Vér, nyál, DNS | DNBSEQ-G400,DNBSEQ-G400 FAST,DNBSEQ-T7 | |||
Teljes exom szekvenálás | WES | Vér, nyál, gDNS | DNBSEQ-G400,DNBSEQ-G400 FAST,DNBSEQ-T7 | |||
Mikrobiális alkalmazás | Pathogen Fast Identification | Vér,Gerincvelői folyadék,Alveoláris öblítő folyadék | DNBSEQ-G50,DNBSEQ-G400 FAST | |||
Bél mikrobióta | Microbiális azonosítás és rezisztens elemzés | DNBSEQ-G50,DNBSEQ-G400 FAST | ||||
Microbiális azonosítás és rezisztens elemzés | Vérkultúra | DNBSEQ-G50 | ||||
Tumor | WES teljes megoldás | FFPE,Szövet,Vér | DNBSEQ-G400,DNBSEQ-G400 FAST | |||
Hotspot gén detektálás | FFPE,Szövet | DNBSEQ-G50,DNBSEQ-G400 FAST | ||||
BRCA1/2 detekció | Vér,Nyál,Nyaki sejtek | DNBSEQ-G50,DNBSEQ-G400 FAST | ||||
Tüdőrák, ALK, NTRK1, NRG1, RET, ROS1, FGFR3, Fúzió, Variáció | FFPE,Szövet | DNBSEQ-G50,DNBSEQ-G400 FAST | ||||
Növény | Molekuláris tenyésztés | Szövet,gDNA | DNBSEQ-G400,DNBSEQ-G400 FAST | |||
Növény WGS | Szövet,gDNA | DNBSEQ-G400,DNBSEQ-G400 FAST,DNBSEQ-T7 | ||||
RNS | Transzkriptóma szekvenálás | Szövet,Sejt,gDNS,RNS | DNBSEQ-G400,DNBSEQ-G400 FAST,DNBSEQ-T7 | |||
RNA-Seq | Szövet,Sejt,gDNS,RNS | DNBSEQ-G400,DNBSEQ-G400 FAST,DNBSEQ-T7 | ||||
Törvényszéki | Személy azonosítás | Vér, haj, nyál etc. | DNBSEQ-G400, DNBSEQ-G400 FAST | |||
Apasági teszt | Vér, haj, nyál etc. | DNBSEQ-G50 |