NGS-szekvenáló berendezések
Az MGI újgenerációs szekvenáló eszközei (NGS) a DNBSEQ™ csúcstechnológiát alkalmazzák. A többi szekvenálási platformhoz képest a DNBSEQ™ szekvenálási technológia előnye, hogy ötvözi a DNB-k alacsony amplifikációs hibaarányainak és a nagy mintasűrűségű Patterned Arrayeknek az előnyeit. Így drámai mértékben javul a szekvenálás pontossága, és jóval alacsonyabb a duplikációs arány a WGS / WES alkalmazásokban.
NGS-szekvenáló berendezések
Az MGI újgenerációs szekvenáló eszközei (NGS) a DNBSEQ™ csúcstechnológiát alkalmazzák. A többi szekvenálási platformhoz képest a DNBSEQ™ szekvenálási technológia előnye, hogy ötvözi a DNB-k alacsony amplifikációs hibaarányainak és a nagy mintasűrűségű Patterned Arrayeknek az előnyeit. Így drámai mértékben javul a szekvenálás pontossága, és jóval alacsonyabb a duplikációs arány a WGS / WES alkalmazásokban.
A DNS nanolabdákat (DNB) a fluidikai rendszer szivattyúzza és tölti egy nanotechnológiával megmunkált chipre (Patterned Array). Ezt követi a szekvenáló primer hozzáadása és a DNB adaptereihez történő hibridizálás. A szekvenálási reakció a fluoreszcensen jelölt dNTP-próbák és a DNS-polimerázt tartalmazó szekvenáló reagensek fluidikai bejuttatásával indul. A képalkotás a DNB-khez kötött fluoreszcens próbák lézeres gerjesztése során történik. A bázishívás közben az MGI saját fejlesztésű szoftverével a képeket digitális jellé alakítják. Az így keletkezett adathalmazból a továbbiakban meghatározható a minta DNS-szekvenciája.
A DNB-kkel kapcsolatos összes szekvenálási technológia a DNBSEQ™ része, amely magában foglalja: az egyszálú DNS cirkularizációt és DNB előkészítési technológiát, a Patterned Arrayeket, a DNB betöltést, a Kombinatorikus Próba Horgony Szintézist (cPAS), Pair-End DNB szekvenálási technológiát, a fluidikai és képalkotó rendszereket, valamint a bázishívó algoritmusokat, stb. A cPAS technológiát széles körben használják különféle szekvenálási platformokon, beleértve a BGISEQ-50, BGISEQ-500, DNBSEQ-G50, DNBSEQ-G400, DNBSEQ-T7 berendezéseket.
A többi szekvenálási platformhoz képest a DNBSEQ™ szekvenálási technológia előnye, hogy ötvözi a DNB-k alacsony amplifikációs hibaarányainak és a nagy mintasűrűségű Patterned Arrayeknek az előnyeit. Így drámai mértékben javul a szekvenálás pontossága, és jóval alacsonyabb a duplikációs arány a WGS / WES alkalmazásokban. A PCR-mentes könyvtárkészítési módszerekkel kombinálva a DNBSEQ™ SNP és indel detektálási pontossága is magasabb más platformokhoz képest. Ezenkívül az indexugrás aránya a DNBSEQ™ esetében jóval alacsonyabb, mint más platformokon.
NGS-szekvenáló berendezések
Összehasonlító táblázat
Termék modell | ||||
Szekvenálási pontosság (minimálisan garantált) | Q30>85% (PE150) | Q30>85% (PE150) | Q40>85%, Q30>85% (PE150) | Q30>80% (PE150) |
Méret | 1656 x 903 x 1815 mm | 1086 x 756 x 710 mm | 607 x 680 x 640 mm | 348 x 312 x 257 mm |
Alkalmazások | Mély genomszekvenálás | WGS, WES, transzkriptom | Onkológiai panelek, fertőző betegségek, 16S metagenom szekvenálás stb. | Patogén mikroorganizmusok gyors azonosítása, kisméretű genomok, célzott szekvenálás |
Flow cell / készülék | 4 db | 2 db | 2 db | 1 db |
Flow cell típus (sávok) | 1-lane flow cell | 2 (FCS) és 4 (FCL) | 1-lane flow cell | 1-lane flow cell |
Átbocsájtóképesség | Nagy | Közepes és nagy | Alacsony és közepes | Alacsony |
Max. kihozatal / futás | 7 Tb | 1440 Gb | 96 Gb | 7,5 Gb |
Max. leolvasások / flow cell | 5800 M | 300 M, 550 M, 1500-1800 M | 80 M | 25 M |
Átlagos futási idő | 16-24 óra | FCS: 13-37 óra, FCL: 14-109 óra | 5-30 óra | 5-20 óra |
Min. leolvasási hossz | PE100 | SE50 | SE100 | SE100 |
Max. leolvasási hossz | PE150 | PE300 | PE300 | PE150 |